En l’àmbit de la ciència valenciana, la recuperació produïda durant la Restauració es va veure frustrada a finals del segle XIX. Molts dels seus protagonistas van deixar València per treballar a les universitats de Madrid o Barcelona, més atractives professionalment, sense temps de consolidar una escola. Aquesta tendència es va viure sobretot en el camp de la medicina, on els èxits havien estat majors. Un ambient intel·lectual més progressista, propiciat per la República, va permetre en els anys trenta una millora que la Guerra Civil va interrompre. La Universitat de València es va veure especialment afectada per la proclamació de la República. Un any abans, en 1930, la Federació Universitària Escolar (FUE), fundada a Madrid en 1926, s’havia establert a València. Arribada la República, els seus estudiants es van constituir en assemblea general i van destituir totes les autoritats acadèmiques. El 18 d’abril, el claustre va elegir com a rector Marià Gómez-González, comissari del Ministeri d’Instrucció Pública i membre de la Junta Provisional Republicana de València. El va succeir el catedràtic de medicina Joan Baptista Peset Aleixandre. Tal com han assenyalat José Luis Barona i María Fernanda Mancebo, el mandat d’ambdós, que va ocupar el primer bienni republicà, va imprimir un segell de modernitat i liberalisme a la vida universitària. El segon bienni, sota el rectorat del també metge Fernando Rodríguez Fornos, va veure un ascens de la dreta i un fre a iniciatives com la universitat popular, impulsada per la FUE, que va perdre el monopoli de la representació estudiantil. El triomf del Front Popular va portar la junta directiva de la FUE a prendre el rectorat i sol·licitar la substitució de Rodríguez Fornos. José Puche va ser elegit nou rector amb el suport majoritari del claustre el 16 d’abril de 1936.
«La Guerra Civil va fer avortàr la recuperació de l’activitat científica valenciana a penes iniciada»
La Universitat era l’escenari fonamental on s’articulava la ciència valenciana. La seua Facultat de Medicina es va veure especialment afectada per l’afonament generalitzat viscut en els anys previs a la República i pràcticament cap dels seus integrants va brillar amb llum pròpia, ja que la majoria del claustre de professors es decantava per l’activitat profesional en les seues clíniques privades de manera preferent. El pla d’estudis vigent a penes es va modificar fins a la Guerra Civil, ja que els redactats durant la dictadura de Primo de Rivera en 1928 i en la República a penes van tenir vigència. Els recursos materials tampoc no es van incrementar i els projectes més ambiciosos i necessaris, uns nous locals per a la Facultat de Medicina i un hospital clínic, no es van materialitzar fins a unes quantes dècades després de la contesa. L’activitat medicocientífica d’aquest període, com ha assenyalat López Piñero, va ser protagonitzada per tres grups clarament diferenciats: els supervivents de l’etapa experimentalista de la Restauració (Vicente Peset Cervera, Ramón Gómez-Ferrer, Manuel Candela, entre altres), un segon grup format per metges que des dels seus llocs docents o assistencials van tenir una activitat científica continuada que es reflecteix en les seues col·laboracions habituals en les revistes mediques valencianes més destacades del período (Policlínica, Revista de Higiene y Tuberculosis, La Crónica Médica) i un tercer grup integrat per professors, molts d’ells formats en institucions estrangeres i pensionats per la Junta d’Ampliació d’Estudis, que van renovar en profunditat l’ensenyament, rutinari i obsolet en aquells moments; a aquest últim grup van pertànyer, entre altres, Juan José Barcia Goyanes, José Puche i Juan Bautista Peset Aleixandre, el qual també va participar en els frustrats intents de revitalitzar l’Institut Mèdic Valencià, les sessions científiques del qual van reflectir en els anys centrals del segle XIX la difusió i assimilació de les novetats mèdiques de l’època.
L’activitat científica en la resta de disciplines es va centrar així mateix en la Universitat a través de la Facultat de Ciències. Els seus estudis es van ampliar a tota la llicenciatura de Química, saber que va experimentar cert impuls, i la Facultat va comptar de nou amb un observatori astronòmic. En 1932, un incendi a l’edifici central de la Universitat, la zona ocupada per la Facultat de Ciències, va destruir l’Observatori, el Museu d’Història Natural i els laboratoris de química, i això va obligar a construir un nou edifici per a la Facultat que no va ser acabat fins a 1940.
El desenvolupament de les ciències biològiques va tenir com a escenaris la Facultat de Ciències, amb una única càtedra de contingut biològic fins a 1956 i ocupada per Eduardo Boscá i Francisco Beltrán Bigorra successivament i l’Institut General i Tècnic (de segon ensenyament) on Celso Arévalo va modernitzar el seu Museu d’Història Natural i el va convertir en laboratori per a la docència i la investigació. Arévalo va fundar així mateix el Laboratorio Hidrobiológico, que es va centrar en l’estudi de l’Albufera i va ajudar a crear la secció de València de la Societat Espanyola d’Història Natural. En l’àmbit privat de la biologia va destacar Carles Pau, que va gaudir de prestigi internacional en el camp de la fitografia. En les disciplines de geologia i paleontologia van sobreeixir els castellonencs Josep Royo Gómez i Vicente Sos Baynat; en geofísica, Vicent Inglada Ors; en química, Luis Bermejo i Antonio Ipiens; en matemàtiques, Roberto Araujo i Sixto Cámara.Tots ells representaven l’al·ludida recuperació de l’activitat científica valenciana iniciada en els anys trenta i que la Guerra Civil, com en la resta d’Espanya, va fer avortar a penes iniciada.